Área de estudio: las Guilleries (noreste de Cataluña, entre las comarcas de Osona y la Selva, y las provincias de Girona y Barcelona, ​​NE de Catalunya).

Para seleccionar las localidades para tomar muestras de suelo, se cruzó información de parámetros biofísicos y antrópicos. En las Guilleries se diferenciaron dos zonas: 1) En el oeste, un sustrato dominado por areniscas, conglomerados y arcillas, con mayor potencial de materiales calcáreos y arcillosos. 2) En el resto del área de estudio, la granodiorita fue la roca madre dominante; un material silícico ácido, con un contenido de SiO2 superior al 55%.

Posteriormente, se estudiaron las tipologías de vegetación actual e histórica. Se usaron los mapas de la cartografía de los hábitats de Cataluña a escala 1:50.000 (versión 2), actualizada en 2012 sobre las ortofotoimágenes del ICGC del año 2018 (Aymerich et al., 2014; ICGC, 2018), y la actualización de cubiertas del suelo del 2022. Para obtener datos históricos de tipologías y superficies, se usaron las imágenes del vuelo de 1945 y el mapa de cubiertas del suelo de 1956 de la provincia de Barcelona (CREAF, 2014). En la provincia de Girona se elaboró ​​la cartografía de cubiertas por digitalización en pantalla de la ortofotografía de 1956. Se buscaron las explotaciones ganaderas existentes a partir del Registro de Explotaciones Ganaderas (DARPA, 2024). Para recoger información de la historia ecológica del lugar, se realizaron encuestas semiestructuradas a ganaderos extensivos y montañeros. Se recogieron muestras de suelos con tres usos funcionales dentro del área geográfica de las Guilleries: bosques considerados poco explotados, con nula o carga herbívora o herbivorismo residual silvestre, pastos que todavía permanecen en activo y pastos abandonados entre los años 1950 y 1965.

La extracción de ADN de las muestras de suelo se realizó con el DNeasy® PowerSoil® Pro Kit (Qiagen, San Diego, CA, EE.UU.) / PowerSoil® DNA Isolation Kit (Mobio) siguiendo las instrucciones del fabricante.

La preparación de las librerías de secuenciación de la región 16S bacteriana e ITS fúngica se realizó a partir de 30 nanogramos (ng) de ADN, los cuales se sometieron a amplificación mediante PCR (reacción en cadena por la polimerasa) de las regiones: (i) V4 del gen 16S ribosómico bacteriano; (ii) ITS2 (internal transcribed spacer) 2) fúngica. El proceso de filtrado de los datos de secuenciación incluyó eliminar: 1) regiones con baja calidad de secuencia. También se eliminaron los reads con una longitud inferior al 75% de su longitud original después del truncamiento; 2) secuencias con adaptador: reads contaminados con secuencias de adaptadores; 3) bases ambiguas: reads que contenían bases N; 4) secuencias de baja complejidad: por defecto, aquellas que contenían 10 pb consecutivas iguales. Para garantizar la eliminación de las secuencias barcode de las librerías de pool, las secuencias se asignaron a las muestras correspondientes mediante alineaciones (sin desajuste de bases) contra las secuencias barcode. El filtrado se realizó con los programas informáticos: i) iTools Fqtools fqcheck v.0.25 (Droop, 2016); ii) cutadapt v.2.6 (Martin, 2011); iii) readfq v1.0.