Encara no s'han aconseguit resultats utilitzant l'ús d’ecometabolomics en condicions de camp, amb la participació de més de dos nivells tròfics, o amb la combinació dels efectes de gradients abiòtics amb les relacions intra-i interespecífiques. L‘acoblament dels estudis ecometabolomics amb la genòmica, la transcriptòmica, l’estequiometria de l'ecosistema, la biologia de les comunitats i la biogeoquímica pot proporcionar un pas més per avançar en moltes àrees de les ciències ecològiques, incloent respostes a l'estrès, l’estil de vida de les espècies, la variació de la història de vida, l’estructura de la població, la interacció tròfica, el cicle de nutrients, el nínxol ecològic i el canvi global.