Yuanye Zeng, Runqiu Feng, Chengcheng Huang, Jie Liu, Fengxia Yang, Antibiotic Resistance Genes in Agricultural Soils: A Comprehensive Review of the Hidden Crisis and Exploring Control Strategies, Toxics, 10.3390/toxics13040239, 13, 4, (239), (2025).
Los cultivos con mayor variedad de especies frenan las bacterias resistentes a antibióticos en el suelo
Este estudio tiene como propósito explorar una estrategia natural y sostenible para reducir la abundancia de genes de resistencia a los antibióticos (ARGs) en suelos agrícolas, especialmente aquellos enriquecidos con estiércoles de origen ganadero, que actúan como principales reservorios de estos genes. Ante los riesgos que los ARGs suponen para la salud humana y su alta presencia en ecosistemas agrícolas, los objetivos concretos de la investigación son:
- Evaluar cómo la diversidad de cultivos (número de especies plantadas) influye en la abundancia de genes de resistencia a los antibióticos (ARGs) y elementos genéticos móviles (MGEs) en diferentes tipos de suelo agrícola contaminado.
- Determinar el impacto de las especies vegetales concretas (cultivadas de forma individual) en la composición y abundancia de los ARGs y MGEs.
- Examinar la relación entre la diversidad vegetal y la composición de los exudados radiculares —los compuestos químicos segregados por las raíces—, y cómo estos exudados influyen en la competencia entre bacterias potenciales portadoras de genes resistentes y otros microorganismos del suelo.
- Verificar experimentalmente si una mayor diversidad de recursos (creada artificialmente a partir de exudados de las raíces) reduce también la presencia y movilidad de los ARGs, así como la presencia de bacterias patógenas resistentes.
El estudio se llevó a cabo durante un período de siete meses en tres tipos de suelos agrícolas contaminados con genes de resistencia a los antibióticos (ARGs):
- Suelo negro (BS): Suelo rico en materia orgánica, típico de zonas agrícolas del noreste de China, con alta fertilidad natural.
- Suelo fluvoacuático (FS): Suelo aluvial formado por sedimentos fluviales, habitual en llanuras agrícolas, con menor contenido de nutrientes pero mayor diversidad microbiana.
- Suelo rojo (RS): Suelo tropical con alto contenido en arcillas y hierro, característico de regiones cálidas y húmedas, con tendencia a la acidez y menor fertilidad.
Las macetas se dividieron en dos grandes grupos según el nivel de diversidad vegetal:
- Monocultivos: en la mitad de las macetas se plantó una sola especie por maceta, simulando un sistema agrícola convencional.
- Policultivo: en la otra mitad, se plantaron combinaciones de 3 o 4 especies seleccionadas entre lechugas, tomates, alfalfa, pimientos, apios y ajos, con el objetivo de simular sistemas de cultivo con mayor diversidad.
Al final del período de cultivo, se recogieron muestras de suelo para analizar la abundancia de genes de resistencia (ARGs) y elementos genéticos móviles (MGEs). Por eso, se utilizó qPCR de alto rendimiento, una técnica molecular que permite cuantificar simultáneamente múltiples genes. En total, se analizaron 18 ARGs y MGEs prevalentes.
Además, se midieron varios parámetros físico-químicos del suelo, como:
- Carbono orgánico total (TOC)
- Nitrógeno total (TN)
- Nitrógeno inorgánico
También se caracterizó la biodiversidad microbiana de los suelos mediante índices como la riqueza, la equidad y la diversidad de Shannon.
Por último, se aplicaron análisis estadísticos como ANOVA de dos factores y PERMANOVA, para determinar los efectos significativos tanto de la diversidad vegetal como de las especies sobre la cantidad y composición de los ARGs y MGEs en cada tipo de suelo.
El estudio demuestra que aumentar la diversidad de plantas cultivadas en un suelo puede ser una estrategia efectiva para frenar la propagación de los genes de resistencia a antibióticos (ARG) y de los elementos genéticos móviles (EGM), que son las secuencias de ADN capaces de saltar de un microorganismo a otro, facilitando así la transferencia de estos genes resistentes.
También hay cambios claros en la composición microbiana del suelo según el tipo de cultivo:
- En las macetas con mayor diversidad de plantas, había más abundancia de bacterias beneficiosas para la salud del suelo, como los fijadores de nitrógeno y las actinobacterias.
- En las macetas que simulaban monocultivos, en cambio, predominaban las proteobacterias y las firmicuts, dos grupos con mayor capacidad para llevar y transferir ARG mediante elementos genéticos móviles.
Por último, en lo que se refiere a la composición química de los exudados de las raíces, se observa que una mayor diversidad vegetal aumenta la diversidad química de estos compuestos. Hasta un 43,5% de los 4.227 compuestos analizados se veían significativamente enriquecidos con mayor diversidad vegetal. Estos compuestos tienen un efecto inhibidor directo sobre bacterias portadoras de resistencias, favoreciendo comunidades microbianas más diversas y funcionales. El análisis de redes ecológicas ha mostrado también una mejora en la conectividad y estabilidad del microbioma del suelo con mayor diversidad vegetal.
Este conjunto de resultados, apoyados por múltiples técnicas y controles experimentales, aporta una evidencia sólida de que el aumento de la diversidad de plantas y de recursos en el suelo reduce la carga genética de resistencias a los antibióticos y frena su diseminación entre bacterias, especialmente aquellas con potencial patógeno para humanos, animales o plantas.
Este estudio aporta una evidencia científica sólida e innovadora que demuestra cómo aumentar la diversidad vegetal en sistemas agrícolas puede convertirse en una estrategia efectiva para reducir de manera significativa la abundancia de genes de resistencia a los antibióticos (ARGs) en el suelo, especialmente aquellos considerados de alto riesgo para la salud humana.
Fomentar la diversidad de cultivos -tanto en cuanto al número de especies como a la composición química de los exudados radiculares- favorece una comunidad microbiana más equilibrada, lo que dificulta la proliferación de las bacterias portadoras de ARGs. Este hallazgo tiene implicaciones directas para la gestión del territorio, las políticas agrícolas y ambientales y la salud pública. Incorporar criterios de diversidad vegetal en la gestión de suelos puede ser clave para reducir el riesgo de la propagación de la resistencia a los antibióticos y proteger, a largo plazo, tanto la salud de los ecosistemas como la de las personas.