Els exemplars d'A. aestivalis es van trobar en llocs aïllats, conservats i únics de les conques dels rius Llobregat i Ter, altament modificades. La forta especificitat d'hàbitat de la espècie i les seves capacitats de dispersió són molt limitades; això explica la seva distribució fragmentada, que condueix al risc de desaparició de la població. Sota aquestes circumstàncies, hauria de proposar-se que A. aestivalis, juntament amb els altres Aphelocheirus ibèrics endèmics, s’afegissin a la llista vermella d’invertebrats amenaçats.

A més, els rius mediterranis són alguns dels ecosistemes aquàtics més amenaçats a tot el món a causa de la pressió urbana, industrial i agrícoles que redueixen de manera crítica el seu cabal d’aigua, condició biològica i qualitat ecològica. Per tant, les localitats on l’espècie s'ha trobat estan amenaçades.

Per protegir els fràgils ecosistemes del gènere Aphelocheirus seria obligat mantenir el cabal d’aigua a l’estiu almenys al mateix nivell que en l’actualitat.